百日咳的潜伏期短，最短5天左右，最长在21左右，一般百日咳患的潜伏期为7-15天，百日咳按照病情分为3期：
1.卡他期：病发时出现1-2周的痉咳，与感冒有点相似，会伴随着流鼻涕、出现低烧低热、干咳，随之发展，其他症状减轻，咳嗽加重，尤其的深夜，咳嗽明显加重。
2.痉咳期：时间长，长达两个多月，甚至更久，咳嗽严重，以阵发性、痉挛性咳嗽为主，咳嗽时双眼圆睁、面红耳赤、涕泪交流，头向前倾等，表情很痛苦，在发作前并无明显预兆和症状，引发的诱因很多。
3.恢复期：随之慢慢恢复，咳嗽次数会减少，不再出现阵发性痉咳，但遇到刺激性气体或上呼吸道感染时容易复发。婴幼儿的百日咳更加严重，一般无经典痉咳，容易引发发绀，易致窒息、惊厥，导致呼吸困难，心跳加快，不进行及时抢救，容易出现窒息死亡。