一、单纯性肾囊肿西医治疗
由于单纯性肾囊肿发展慢，不一定损害肾脏，且发现时多数患者年龄已较大，近年来在治疗方面趋于保守。
1.无肾实质或肾盂肾盏明显受压 无感染、恶变、高血压或上述症状不明显时，即使囊肿较大，亦不主张手术，而应采取B超检查密切随访。
2.当继发感染时 鉴于抗生素能穿透囊壁，进入囊腔，可首先采用抗生素治疗和超声引导下穿刺引流。失败无效时再考虑开放手术。
3.若证实囊肿有癌变或伴发肾癌，应尽早手术治疗。
4.囊肿直径大于4cm时可行穿刺和硬化剂治疗，硬化剂的选择应慎重。四环素具有硬化和预防感染双重作用，疗效达96%，副作用小。磷酸铋疗效亦佳，44%囊肿完全消失，52%缩小，无严重并发症。
5.当上述处理无效，症状或囊肿感染明显时，可行囊肿去顶术或作肾部分切除术。
6.如因囊肿导致患肾严重感染，肾功能已严重受损而对侧肾功能正常时，可作肾切除术。
单纯性肾囊肿的治疗，必须综合考虑囊肿对肾脏和全身的影响，并视囊肿的发展而定。若上述情况并不明显，宜密切随访观察，不必急于治疗。
预后
本病一般无临床症状，不影响肾功能，因此预后良好，也不影响患者的寿命。
二、单纯性肾囊肿中医治疗
1.湿热蕴肾证：
肢体浮肿，小便不利，灼热刺痛。色黄或红，腰背胀痛，口腻纳呆，渴不欲饮，身胀困重，舌红，苔黄腻，脉濡数。清热化湿。代表方：四苓散、八正散、小蓟饮子加减。
2.脾肾阳虚水停证：
浮肿明显，面色苍白，畏寒肢冷，腰腿酸软，神疲乏力，纳呆或便溏，小便短少或清长，少腹可荆及水囊样包块，舌嫩淡胖，苔白滑，脉沉细，或沉迟无力，温补脾肾，利水消肿。代表方：附子理中汤合真武汤加减。
3.肾虚血瘀水聚证：
肢体浮肿，小便短少，腰膝酸软，耳鸣，口唇色暗，眼眶发黑，指甲紫暗，腰胀痛或刺痛，小腹包块有压痛，舌淡暗，脉细涩。补肾利水，活血化瘀。代表方：右归饮合少腹逐瘀汤，五苓散加减。