窦性心动过速的治疗主要是祛除诱因，如止痛、控制感染，纠正贫血、改善心功能、控制甲状腺功能亢进等，必要时可适当予以β受体阻滞剂治疗。但须注意，窦性心动过速多为生理应激反应所致，故在诱因未祛除情况下β受体阻滞剂勿大量应用，以防止因此产生的心脏过度抑制。
窦性心动过缓如心率在40次/分以上可观察，严重窦性心动过缓者，如经治疗无效或不能改善者，需安装起搏器，防止发生心功能不全。
病态窦房结综合征预后与病因及病变严重程度密切相关，因病毒性心肌炎所致病窦者，若治疗积极及时，部分可获痊愈。对长期不愈且窦房结病变不严重者，早期可无症状，但有可能发生心功能不全。病变严重者可发生心脏停搏或猝死，应及时安装人工起搏器。