研究表明，在环境因素中，吸烟与克罗恩病的发病关系密切相关，克罗恩病吸烟者临床表现及预后较非吸烟者差。因此，积极戒烟是预防克罗恩病发病的有效途径之一。
口服避孕药者患克罗恩病的危险性增高，与用药时间呈正比。因此，避免服用避孕药也是预防克罗恩病发病的途径。
有研究显示，克罗恩病的发生与副结核分歧杆菌和麻疹病毒有关，为防止细菌和病毒的感染，我们应该提倡使用公筷或分餐制，牛奶及乳制品消毒后饮用，瓜果蔬菜应该彻底洗干净，对克罗恩病病人的粪便要消毒处理。
在免疫因素方面，与克罗恩病发病紧密关联的是一种称为T淋巴细胞的免疫细胞。因此，增强免疫力也可预防克罗恩病。生活中，增强免疫力最简单有效的方法为运动。可以根据自己的爱好、时间、身体状况选择适合自己的运动方式，如跑步、跳舞、游泳、篮球、足球、中国传统武术等等。
一、未病前的预防
中医学认为本病是由于脾肾虚弱、感受外邪、情志内伤、饮食劳倦等因素导致的。现代医学认为克隆病的发病原因不明确，可能与病毒感染、免疫、遗传因素有密切关系。结合中西观点，可从生活起居、饮食、精神调养、增强体质等几个方面进行预防。
1.生活起居要有规律;
2.禁食生冷不洁食物;
3.精神调养;
4.适当进行体育锻炼;
二、已病后的预防
本病为一慢性反复发作的疾病。由于病因不明，尚无根本的治愈方法。许多病人在其病程中都会出现一次以上的并发症需要手术治疗，而手术治疗的复发率甚高，有报道可达90%。本病的复发率与病充数范围和病症侵袭的强弱等因素有关。所幸死亡率还不高。此外，本病随病程的延长和年龄的增长，复发率逐渐降低而健康者的比率升高。近年来采用各种治疗措施对多数病人是有效的，可帮助患者度过病情活动期的难关。