口腔溃疡的的确切病因目前尚不能完全明确，现代医学认为局部创伤、精神、食物、药物、激素水平改变及维生素或微量元素缺乏等可能是其发病诱因。另外系统性疾病、遗传、免疫及微生物与其发病有着密切的关系。但普遍认为其发病是由免疫、遗传和环境等多中因素的综合作用结果。其可能的致病因素与以下几个方面有关：
系统性疾病
患有系统系疾病的让你去容易发生口腔溃疡，其只要原因是疾病可通过影响免疫系统而致病。临床上常见的可以引起口腔溃疡的疾病有：胃溃疡，十二指肠溃疡，慢性或迁延性肝炎，结肠炎，贫血，偏食，消化不良，腹泻，便秘等。
内分泌变化
口腔溃疡的发病可能和体内激素的水平有关，部分女性往往在月经经期发生口腔溃疡，用药物治疗只能暂时缓解，下次月经经期依然容易复发，可能同时还多伴有心烦、口干、情绪不稳定以及便秘等症状。可能是由于体内的雌性激素降低和黄体酮水平的增高有关。
精神因素
口腔溃疡的的发生可能与植物神经功能失调有联系，部分人群常在精神紧张、情绪波动、精神不佳以及疲劳的情况下复发。
遗传因素
复发性的口腔溃疡和遗传有一定的关系，若父母有一方患有则其子女口腔溃疡的发病几率约有50%-60%。
营养缺乏
如果身体缺乏锌、铁等微量元素以及叶酸、维生素等，均可增加口腔溃疡的发生几率。
病毒
目前还不能完全排除病毒因素与口腔溃疡的关系，认为病毒感染可能作为一种诱发因素产于了口腔溃疡的发生过程，引起人体免疫调节的紊乱。