一、根治性手术
手术切除为肾盂肿瘤的主要治疗方法。标准术式为：无远处转移者，应常规作根治性手术，切除范围包括肾脏、肾脂肪囊、同侧肾上腺、输尿管全段及膀胱袖套状切除。一般多采用两个切口施行手术，处理膀胱壁间段时宜在直视下进行，将有利于预防术后膀胱内种植。至于是否要做区域淋巴结清扫术，目前尚有争议。
二、保留器官的手术
1、经尿道输尿管肾盂镜或经皮肾镜电灼或切除术：输尿管镜治疗肾盂肿瘤适用于肿瘤分期分级较低、单发表浅的肿瘤，有手术创伤小，患者恢复快等优点，但肿瘤复发率较高需要长时间随诊，复发率为13.4%～50%，复发的肿瘤多为分级较低的乳头状肿瘤。报道显示输尿管镜治疗肾盂肿瘤手术有高达25%的失败率和7%的较大并发症发生率。经皮肾镜有较大的内镜操作空间，而且如果置留肾造瘘管可行化疗药物灌注治疗，适于单发小的低分级的表浅的肾盂肿瘤，尽管经皮肾镜有出血、肿瘤外溢、种植的危险。有学者报道经皮肾镜治疗肾盂肿瘤的复发率为45.4%，并建议若留置肾造瘘管应再次行肾镜检查以确保肿瘤完全切除，并以掺钕的钇铝石榴石激光(Nd∶YAG激光)烧灼可疑区域。
2、开放性肿瘤切除术：对低期、低级局部表浅生长的一侧或双侧肾盂肿瘤采用保留器官的开放性手术获得了良好的效果，如局部单纯肿瘤切除术、肾盂切开电灼切除术或YAG激光切除术;如肿瘤未累及肾实质时，可作部分肾切除术等，但术后应密切随访，警惕肿瘤复发。
三、姑息手术
如果已有远处转移，因梗阻、感染或严重血尿时，可考虑作单纯肾切除术或肾动脉栓塞术，以缓解症状。有肝脏、骨骼、肺等处转移的治疗，手术后可试作全身化疗，可能有一定的帮助，但放射治疗无效。
四、放疗化疗
放疗作为辅助治疗用于肾盂肿瘤术后较多，但效果并不明确，一般认为对于分级高的肿瘤有一定的疗效。全身化疗对于肾盂肿瘤的治疗并无多少价值。
预后
预后与手术方式、细胞分化程度和病理分期有关。肾盂癌根治性手术5年存活率84%，非根治性手术51%，但根治术是否应行区域淋巴结清扫术尚未统一。G1级5年存活率75%，G2级为55%，G3级为27%;鳞状上皮癌和腺癌预后不良，5年存活率为0。
肾盂癌中医治疗
1、肾阴虚弱型的患者，其症状常表现为小便短赤带血，潮热盗汗，口燥咽干，腰膝酸软，腰痛腹部肿块，舌质红，脉细数。 中医治法：养阴清热凉血。
2、心火亢盛型的患者，症状表现为小便热赤带血鲜红，排尿时或有轻的热灼之感，心烦口渴，口舌生疮，夜寐不宁，腰痛肿，舌尖红，脉洪大数而有力。 中医治法：清心泄火，凉血止血。
3、对于脾肾两虚型的患者，其主要症状是腰痛腹胀,尿血或腰腹部肿块,纳差,恶心,呕吐,身体消瘦,虚弱贫血,舌质淡,舌苔薄白,脉沉细无力或弱。 中医方法主要是健脾益肾，软坚散结。
4、湿热蕴肾型患者的症状表现：腰痛，坠胀不适，尿血，低烧，身沉困，饮食不佳，腰腹部肿块，舌苔白腻中黄，舌体胖，脉滑数。 中医治法：清热利湿，解毒化瘀。
5、瘀血内阻型患者的常见症状是面色晦黯，血尿频发，腰部钝痛，腰腹部肿物日渐增大，肾区憋胀不适，口干舌燥，舌质紫黯或瘀斑，舌苔薄黄，脉弦或涩或结代。 中医治法：活血化瘀，理气散结。
6、癌毒走窜，气血两虚型的患者的症状是疲乏无力，自汗盗汗，面色无华，血尿时作，腰痛腹胀，贫血消瘦，行动气促，有时咳嗽伴有低热，口干舌质红或深红，黯紫有瘀斑，脉细弱或大而数。