真菌感染
主要是由于皮肤真菌寄生于指甲上所引起的指甲病变。灰指甲具有一定的传染性，可以相互传染患病，常因为个人的不良生活习惯及生活用品的共同使用导致交叉传染，多发生与发生与宿舍、家庭、澡堂等场所。
涂抹甲油
大部分的指甲油、指甲水以含有以消化纤维为本料的化学溶剂制成，长期使用可严重破坏指甲釉质层，破坏甲质结构，因此降低了指甲的保护防御机制，感染真菌引发疾病的几率由此提高，并发灰指甲感染。
并发感染
甲沟炎、脚气、牛皮癣等皮肤病可并发灰指甲感染。原因在于此类疾病容易致使手部皮肤溃烂及病菌种类、浓度增加，导致灰指甲的病菌更容易滋生，而且不易消除。
外伤感染
指甲受伤后，如果伤口与病菌直接接粗，加上消毒不完善，病菌更容易直接入侵甲床，引起灰指甲。指甲受到撞击出血或者甲床剥离，或者修甲时，两边指甲修剪太深，引起嵌甲等均可增加感染几率。
营养不良
钙、硫、维生素等都是维持指甲健康生长的基础，如果机体营养不良很容易造成维持指甲健康的微量元素不足，从而可出现指甲异色、变形、褶皱等，严重者可降低指甲免疫防御功能，使指甲更容易遭受病菌感染从而引发灰指甲。