甲真菌病仍以皮肤癣菌最常见，约为77.6%，以红色毛癣菌为主(85%)，其次为须癣毛癣菌(12%)、絮状表皮癣菌(2%～3%)。其分解的角蛋白，产生侵袭性酶并入侵和破坏正常组织，导致原发性甲感染。继发性甲感染发生于其他因素损害甲后，多由无分解角蛋白能力的酵母菌和真菌引起。酵母菌中，以念珠菌属为主约占20%左右，其他真菌主要有青霉属和曲霉属，还有白地霉、帚霉属及毛霉属、柱顶孢霉等。有人提出，该病是一种角蛋白变异有关的常染色体显性遗传疾病，部分人群有此遗传素质。
致病的霉菌有短帚霉、暗色柱顶孢、透明柱顶孢、曲霉、镰刀菌、头孢霉、链格孢、可可毛双孢、卡氏枝孢、新月弯孢、人甲棘壳孢、皮炎万孢等。柱顶孢为热带和亚热带地区的甲真菌病的常见致病菌，感染后临床症状类似皮肤癣菌所致的手足癣及甲真菌病。