甲真菌病的治疗应有全面和持久的观点，不仅治疗病甲，并须同时治疗手、足癣，坚持长期治疗。念珠菌性甲沟炎要考虑职业因素，避免潮湿。也应避免甲外伤。
1.局部治疗 适用于病甲数较少的病例。可坚持外涂5%阿莫罗芬指甲油、8%环吡酮氨(环己毗酮氨乙醇)指甲涂剂30%醋酸、乳酸碘配液(10%碘配和乳酸各50%混匀)或复方水杨酸软膏。在涂药前用温水泡脚，并以小刀或小锉轻轻刮除病甲。一般需要坚持6～12个月。也可用40%尿素软膏使甲软化后刮去病甲，再使用抗真菌药物。还可用外科手术方法将病甲拔除，后涂抗真菌药物。
2.系统治疗 适用于多发病甲或局部治疗无效者。治疗过程中，根据患者的年龄、病甲情况及甲生长速度等因素调整疗程。
(1)特比萘芬：对皮肤癣菌和真菌感染有效。对酵母菌甲感染疗效偏低。可口服250mg/d，指甲真菌病需6周，趾甲真菌病需12周。或采用隔日疗法，第1周250mg/d，第2周始隔日服药，每次250mg，指甲真菌病需3个月，趾甲真菌病需6个月。
(2)伊曲康唑：对皮肤癣菌、酵母菌和真菌感染均有效。目前多采用短程间歇冲击疗法，口服200mg，每天2次，连服7天，为1个疗程。指甲真菌病可用2～3个疗程，趾甲真菌病可用3～4个疗程。
(3)氟康唑：对皮肤癣菌、酵母菌和真菌感染均有效。每周口服1 次，每次 150mg。指甲真菌病需3～4个月，趾甲真菌病需6个月以上。
3.中医脱甲：可用紫色拔膏棍加热软化，贴敷患甲，保持7～10天取下，用钝刀削刮已软化角质，然后继续贴敷，如此反复至新甲长出。或将病甲浸入中药药醋中约20～30min(浸后勿洗去药醋)。本法较脱甲简便。