室间隔缺损，属于先天性心脏病，主要是心脏发育过程出了问题，因此，任何干扰心脏发育的因素都会导致疾病发生，所以病因复杂，有时候难以用单一因素解释其发生。主要包括两大方面原因，遗传和外部因素。
（1）遗传：室间隔缺损及其他先天性心脏病都有明显的遗传倾向及家族聚集现象，尤其对于合并多种心脏畸形的情况下，更要注意遗传问题，应该排查家庭其他成员。
（2）外部因素：主要是妊娠期间，孕妇患病毒感染性疾病（比如风疹病毒）、胎儿宫内缺氧、孕期服用致畸药物（比如沙度利胺），或母体本身有糖尿病、红斑狼疮、饮酒、接触大量放射性辐射等，这些都有可能导致胎儿在母体内异常发育，进而出现室间隔缺损等其他先天性心脏病。