一、西医
1、治疗原则主要是对症处理:
(1)口服B族维生素，如维生素B1、维生素B2、维生素C;
(2)呕吐难以进食者给予输液。当口腔因有糜烂吃东西困难时，可以给予易消化的流食，饭后漱口。
(3)口腔溃疡给予青梅散、金霉素鱼肝油或锡类散外涂，疼痛剧烈涂以利多卡因或苯佐卡因加硼砂甘油，促使糜烂面早日愈合。 并保持局部清洁，避免细菌的继发感染。
(4)皮肤疱疹有继发感染者涂以1%甲紫;
(5)服用抗病毒的药物，如病毒唑、病毒灵等。若伴有发热时，可以用一些清热解毒的中药。
2、手足口病重症，可能结合心肌炎、脑炎、脑膜炎等病症，应及时进行相应的对症治疗。
神经系统受累治疗：
(1)、控制颅内高压，限制入量，给予甘露醇静脉滴注。根据病情调整给药间隔及剂量。
(2)、静脉注射免疫球蛋白。
(3)、酌情可以应用糖皮质激素治疗。
(4)、其他对症治疗：降温、镇静、止惊。
呼吸、循环系统衰竭治疗：
(1)、保存呼吸道畅通，吸氧。
(2)、确保2条静脉通道畅通，检查呼吸、心率、血压和血氧饱和度。
(3)、呼吸功能障碍时，及时气管插管使用正压机械通气。
(4)、根据血压、循环的变化可以选择用米力农、多巴胺、多巴酚丁胺等药物，酌情使用利尿药物治疗。
(5)、保护重要脏器功能，维持内环境的稳定。
(6)、抑制胃酸分泌，可做起使用西咪替丁、奥美拉唑等。
(7)、检测血糖变化，严重高血糖时使用胰岛素。(8)、继续发肺脏等部位的细菌感染时需要应用有效的抗生素治疗。
二、中医
1、双花防毒饮
方剂：金银花10g，野菊花10g，蚤休15g，茯苓10g，甘草3g。
制法：上药加水300ml，浸泡30分钟，以武火(大火)煎煮沸腾，改用文火(小火)煎煮15分钟，煎成药液150ml。每日1剂，药液分2～3次服，连续服用7～10天。3岁以下婴幼儿可减量服用。
2、对急性期出现低热或无发热，流涕咳嗽，咽红疼痛，或纳差恶心，可用;银翘散加减。
3、高热持续，口腔、手足、臀部、四肢疱疹分布稠密，可用;清瘟败毒饮加减;对出现高热不退，频咳气急等并发症，可用己椒苈黄丸合参附汤加减。
4、治疗口疼牙龈肿：可用板蓝根10克，黄芩、白藓皮各6克，双花3克，竹叶、薄荷各2克，煎水含漱。
5、在疾病康复期，恢复期热退或微热。疱疹逐渐消退，胃纳欠佳等，余邪未尽，治宜理脾助运，兼以清化。外方：谷芽、生意苡仁各15克，蝉蜕6克，钩藤、淡竹叶各9克，甘草5克。每日1剂，水煎分2次服。对于口干咽痛的孩子可用沙参麦冬汤方加减，养阴生津，清热润咽。
中成药
1、玉屏风口服液合板蓝根冲剂。
2、治疗口咽部疱疹，可用西瓜霜、冰硼散、锡类散，涂搽口腔患处。口腔炎喷雾剂对扁桃体炎效果最为明显;对小儿口腔炎有特效;具有一定的祛痰止咳效果;雾化剂型易吸收。
3、手足疱疹严重者，可用如意金黄散、青黛散，任选1种，麻油调，敷于疱疹患处。